Existuje několik nevýhod použití rozpočtu v rámci podniku, které jsou následující:
Potřebný čas. Vytvoření rozpočtu může být velmi časově náročné, zejména ve špatně organizovaném prostředí, kde může být vyžadováno mnoho iterací rozpočtu. Příslušný čas je kratší, pokud existuje dobře navržený rozpočtový postup, zaměstnanci jsou zvyklí na tento proces a společnost používá rozpočtový software. Časový požadavek může být neobvykle velký, pokud je zaveden proces participativního rozpočtování, protože tento systém zahrnuje velký počet zaměstnanců.
Hraní v systému. Zkušený manažer se může pokusit zavést mezeru v rozpočtu, což zahrnuje záměrné snížení odhadů příjmů a zvýšení odhadů výdajů, aby mohl snadno dosáhnout příznivých odchylek od rozpočtu. To může být vážný problém a jeho odhalení a odstranění vyžaduje značný dohled.
Vinu za výsledky. Pokud oddělení nedosáhne svých rozpočtových výsledků, může vedoucí oddělení obvinit jiná oddělení, která mu poskytují služby, že jeho oddělení adekvátně nepodpořilo.
Alokace výdajů. Rozpočet může předepsat, že určité částky režijních nákladů budou přiděleny různým útvarům, a manažeři těchto útvarů mohou mít problémy s použitými metodami přidělování.
Utratit nebo ztratit. Pokud je oddělení povoleno určité množství výdajů a nezdá se, že by ministerstvo v průběhu rozpočtového období utratilo všechny finanční prostředky, může vedoucí oddělení povolit nadměrné výdaje na poslední chvíli z důvodu snížení jeho rozpočtu v příštím období, pokud nevyčerpá vše povolené v aktuálním rozpočtu.
Zvažuje pouze finanční výsledky. Rozpočty se primárně zabývají přidělováním hotovosti konkrétním činnostem a očekávaným výsledkem obchodních transakcí - nezabývají se více subjektivními záležitostmi, jako je kvalita produktů nebo služeb poskytovaných zákazníkům. Rovněž nezahrnuje žádnou kontrolu rizik, kterým je podnikání vystaveno. Tyto další problémy lze uvést jako součást rozpočtu, ale obvykle se to nedělá.
Strategická rigidita. Když společnost vytvoří roční rozpočet, může se vrcholový manažerský tým rozhodnout, že se organizace v příštím roce zaměří výhradně na splnění cílů stanovených v rozpočtu. To může být problém, pokud se trh v průběhu rozpočtového roku změní jiným směrem. V takovém případě by se společnost měla spíše přizpůsobit trhu, než aby dodržovala rozpočet.
