Manipulační náklady vznikají, když podnik přesune zboží ze skladu a připraví ho na dodání zákazníkovi. Jedná se tedy o náklady vzniklé v období od okamžiku, kdy zboží opustí sklad, do okamžiku, kdy je doručeno přepravci. Pokud jsou služby poskytovány místo zboží, mohou náklady na manipulaci odkazovat na administrativní náklady spojené s objednávkou. Náklady na manipulaci může prodejce absorbovat nebo mohou být zahrnuty do řádkové položky nákladů na dopravu a manipulaci na fakturaci zákazníka.
